Ξεκινώντας από το βορρά, αφετηρία για τους ιστορικούς αμπελώνες νησιών Αιγαίου αποτελεί ο αμπελώνας στη Λήμνο. Με ομηρικές αναφορές για το εμπόριο του κρασιού, στη Λήμνο καλλιεργείτο από την αρχαιότητα η λημνία άμπελος, όπως και σήμερα, με το όνομα Λημνιό, τόσο σε αυτό το νησί, όσο και στον αμπελώνα στη Βόρεια Ελλάδα. Από την Τουρκοκρατία, το νησί ταυτίστηκε με την καλλιέργεια του μοσχάτου Αλεξανδρείας και την παραγωγή επιδόρπιων κρασιών. Στη Λέσβο (Μυτιλήνη), ο ομώνυμος ευωδιαστός μαύρος γλυκός οίνος, συναγωνιζόταν σε ποιότητα και φήμη αυτόν της Χίου. Το κρασί αυτό διέπρεψε εμπορικά για πολλούς αιώνες. Σήμερα, η οινοπαραγωγή του νησιού είναι ελάχιστη, σε αντίθεση με την παραγωγή του φημισμένου ούζου του. Στη Χίο παραγόταν ο Αριούσιος οίνος, ο πιο ονομαστός και –για τους περισσότερους γευσιγνώστες της εποχής– ο καλύτερος ελληνικός οίνος της αρχαιότητας, αλλά και των επόμενων αιώνων. Στη Χίο η αμπελοκαλλιέργεια «έσβησε» με το κάψιμο του νησιού από τους Τούρκους και την κατοπινή μετανάστευση των κατοίκων της. Ωστόσο, πολύ πρόσφατα άρχισε μια προσπάθεια με νέες φυτεύσεις αμπελώνων. Στο Θεσσαλικό νησί Σκόπελος (αρχαία Πεπάρηθος), από τους αρχαίους χρόνους μέχρι το 19ο αι., υπήρχε ένας από τους πιο σημαντικούς και φημισμένους αμπελώνες της Ελλάδας, με μεγάλη εξαγωγική δραστηριότητα. Στον αμπελώνα στη Σάμο παραγόταν από την αρχαιότητα ονομαστός οίνος. Η μεγάλη όμως οινική άνθηση παρουσιάστηκε στη Βυζαντινή εποχή και από τότε είναι διαρκής. Το καταπληκτικό γλυκό κρασί της Σάμου, από μοσχάτο άσπρο, αποτελούσε ένα από τα πιο διάσημα ελληνικά κρασιά, με έντονη παρουσία στο εξωτερικό, ακόμη και στις δύσκολες στιγμές του ελληνικού αμπελώνα. Ο αμπελώνας της Σάμου είναι ένα ζωντανό παράδειγμα των αρχαίων αμπελότοπων του Αιγαίου πελάγους, που τα φυτά καλλιεργούνταν σε πεζούλες, χρησιμοποιώντας μοναδικές αμπελουργικές πρακτικές. Στη γειτονική Ικαρία παραγόταν ο περίφημος Πράμνιος οίνος, ερυθρός ξηρός, που αναφέρει ο Όμηρος σαν τον αγαπημένο των Ελλήνων. Τον είχαν άλλωστε πάρει μαζί τους στην Τροία και τον διακινούσαν σε όλο το βόρειο Αιγαίο. Για πολλούς αιώνες, ο Πράμνιος οίνος ήταν δημοφιλέστατος. Με την πάροδο του χρόνου άρχισε να θεωρείται τύπος κρασιού και να παράγεται και σε άλλες περιοχές, παρόλο που το όνομά του ήταν τοπωνύμιο της Ικαρίας.
Φτάνοντας στις Κυκλάδες, παντού σχεδόν συναντώνται οι ιστορικοί αμπελώνες νησιών Αιγαίου. Ο αμπελώνας στην Πάρο, αλλά και στη Νάξο, την Αμοργό, την Κέα (Τζια) και τη Σύρο, είχαν φήμη από την αρχαιότητα. Σε ορισμένες δε ιστορικές περιόδους, όπως στη Βενετοκρατία, παρουσίασαν ιδιαίτερη άνθηση. Στον αμπελώνα στη Σαντορίνη υπάρχουν όμως στοιχεία οινοποιητικής δραστηριότητας πριν καν τη μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου του νησιού, κατά τους προϊστορικούς χρόνους. Η Σαντορίνη συνδύαζε πάντα μεγάλη παραγωγή με ποιότητα και εξωστρέφεια, με αποκορύφωμα την εξαγωγική δραστηριότητα του Vinsanto κατά τη Βενετοκρατία, την Τουρκοκρατία, αλλά και το 19ο αι., όπου σημείωνε μεγαλύτερες εξαγωγές από τα κρασιά όλης της υπόλοιπης Ελλάδας μαζί. Το ηφαιστειογενές έδαφός της, άνυδρο και αφιλόξενο για τη φυλλοξήρα, το κλάδεμα με την κουλούρα, οι σπάνιες γηγενείς ποικιλίες (με κορυφαία το Ασύρτικο) και το τοπίο των παραθαλάσσιων αμπελοτοπίων της, συνηγορούν στην προστασία και στην ανάδειξη του αμπελώνα της ως μνημείο παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς.
Νοτιότερα, ιστορικοί αμπελώνες νησιών Αιγαίου βρίσκονται στα Δωδεκάνησα. Στον αμπελώνα στη Ρόδο και στην Κω υπήρχε από την αρχαιότητα πολύ μεγάλη καλλιεργητική παράδοση, όπως και στην οινοποίηση και το εμπόριο του οίνου. Η ζήτηση εκτινάχτηκε κατά τους Ελληνιστικούς και τους Ρωμαϊκούς χρόνους, χωρίς ποτέ να σταματήσει –τουλάχιστον για τη Ρόδο– μέχρι και σήμερα.
